नेपाल क्लियरिंग हाउसको आईपीएस प्रणालीमार्फत विद्युतीय भुक्तानी गर्न सम्बन्धित कार्यालयले कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयमा भुक्तानी आदेश पठाउँदा भुक्तानी दिनुपर्ने सेवा प्रदायक संस्था, फर्म, कम्पनी वा व्यक्तिको बैंक खाता पनि उपलब्ध गराउनु पर्ने हुन्छ । भुक्तानी आदेश प्राप्त भएपछि कोष तथा लेखा नियन्त्रकको कार्यालयले आफ्नो बैंक मार्फत हितग्राहीको खातामा सिधै रकमान्तर गरिदिने छ । हाल एभरेष्ट बैंक, नेपाल बैंक, राष्ट्रिय वाणिज्य बैंक, कृषि वकास बैंकबाट सरकारी भुक्तानी कारोबार हुदै आएको छ ।
पछिल्लो बिस्तारसँगै नेपाल सरकारको भुक्तानी कारोबारहरु सिधै बैंक मार्फत विद्युतीय माध्यमबाट गरिदा वित्तीय अनुशासन र वित्तीय पारदर्शीता कायम गर्न टेवा पुग्ने विश्वास क्लियरिंग हाउसले लिएको छ ।
