महासंघको अध्यक्ष प्रत्यक्ष रुपमा निर्वाचित हुने व्यवस्था गरिएको छ । कार्यकाल दुई बर्षको हुनेछ । २०७३ यता वरिष्ठ उपाध्यक्ष स्वतः अध्यक्ष हुने व्यवस्था गरिएको थियो । नयाँ संसोधन अनुसार वर्तमान वरिष्ठ उपाध्यक्ष अध्यक्ष भएर कार्यकाल सकिएपछि हुने बार्षिक साधारण सभाले प्रत्यक्ष निर्वाचनबाट अध्यक्षको चयन गर्नेछ ।
महासंघ कार्यकारिणी समितिमा तीन जना उपाध्यक्ष रहँदै आएकोमा पाँच पुर्याइएको छ । यसैगरि एक जना वरिष्ठ उपाध्यक्ष रहनेछ । वरिष्ठ उपाध्यक्षको चयन पनि कार्यकारिणी समितिले गर्नेछ । जिल्ला नगर तर्फ एक थप गरि दुई जना उपाध्यक्ष रहने व्यवस्था गरिएको छ ।
यसैगरि, महिला उपाध्यक्ष रहने पनि व्यवस्था गरिएको छ । महिला उपाध्यक्षलाई कार्यकारिणी समितिले चयन गर्नेछ । तर यसका लागि कार्यकारिणी समितिमा कम्तीमा १२ जना महिला सदस्य रहेको हुनुपर्ने व्यवस्था गरिएको छ । महिला उपाध्यक्षको सभापतित्वमा महिला उद्यमी परिषद पनि महासंघमा गठन हुने व्यवस्था गरिएको छ ।
महासंघको नेतृत्व तहमा महिला सहभागिता बढाउन जिल्ला नगर, वस्तुगत र एसोसिएट तर्फ महिला सदस्य निर्वाचित हुने गरि आरक्षणको व्यवस्था गरिएको छ ।
महासंघ अन्तर्गतको नेपाल युवा उद्यमी फोरमका अध्यक्ष महासंघ केन्द्रिय कार्यकारिणी समितिमा पदेन सदस्यका रुपमा रहने व्यवस्था पनि नयाँ विधानमा गरिएको छ ।
